A Secretaria do Sintrasef é responsável pela organização e gestão das atividades administrativas e operacionais do sindicato. Atuando de forma eficiente, a secretaria garante que o sindicato funcione de maneira ágil e transparente, atendendo às demandas dos servidores públicos federais.
A Diretoria Colegiada é o órgão que dirige o Sintrasef, formada por representantes eleitos democraticamente pelos servidores. Com uma estrutura de decisão coletiva, a Diretoria Colegiada tem como função principal traçar as diretrizes de atuação do sindicato, tomar decisões estratégicas e liderar as lutas em defesa dos interesses da categoria. Cada membro da diretoria possui uma área específica de atuação, garantindo que todas as frentes de trabalho sejam devidamente representadas e coordenadas.